qtv 様
いつもお世話になっております。江村です。
ファイルの開き方は、どのようにしていますでしょうか? エクスプローラからファイルをダブルクリックしたり、右クリックしてから表示される EmEditor を選択して EmEditor を起動する場合には、Windows がウィンドウの位置を制御しますので、前回アクティブだった (EmEditor 以外の) ウィンドウが存在するモニター内に、「指定したエンコードで変換できない文字が含まれています」のダイアログが表示されると思います。
そうでなく、EmEditor 内のファイル メニューから開いた場合には、その EmEditor のウィンドウと同じモニター内に、「指定したエンコードで変換できない文字が含まれています」のダイアログが表示されるはずです。
ご確認いただけると幸いです。
今後もよろしくお願い申し上げます。