実行時のコマンドラインオプションで/nrを指定した場合でも、ファイルを保存する際にはEmEditor自身とWindowsの「最近使ったファイル」にファイル パスを追加してしまうようです(EmEditor Professional (32-bit) Version 10.0.5、Windows XP Professional SP3 日本語版にて確認)。
/nrで開いたファイルは保存時にも「最近使ったファイル」「最近使ったフォルダ」に履歴を追加しないほうが妥当だと思いますし、個人的にもありがたいのですが、どうでしょうか。