「並べ替えオプション」(「ツール」→「カスタマイズ」→「並べ替え」)の「大文字、小文字を区別しない」などのオプションの意図がよく分かりません。
たとえば「大文字、小文字を区別しない」が OFF の場合(つまり「区別する」場合)でも,「aからzへ並べ替え」で並べ替えると
a:x
A:y
a:z
のように大文字/小文字が区別されずにソートされます。
ふつう「区別する」といったら,a と A を全く別の文字として扱い,文字コードの辞書式順序で
A:y
a:x
a:z
と並べることを期待すると思います。
※なお,ON と OFF とで常に結果が一致するわけではなく,OFF のときは「a」よりも「A」のほうが後とみなされます。ON のときは両者は等価になり,元の順序が保存されます(いわゆる安定ソート)。
以上のことは意図された動作なのでしょうか?