開発お疲れ様です。
プロジェクトプラグインの設定、一般タブにある「含めるファイル」、「除外するファイル」、「除外するフォルダ」はどのような時に機能するのでしょうか?
新規にプロジェクトを作成後、フォルダやファイルをD&Dで追加した際やソリューションの読み直しをした際に、ワイルドカードで拡張子を指定したファイルが包含されたり除外されたりすると思ったのですが、そうではないようです。もしかして全く見当違いの質問かもしれません。
提案なのですが、プロジェクト毎に上記のフォルダのD&D際にファイルのフィルタリングするような機能を盛り込めないでしょうか?