お疲れさまです。
不具合といえるかどうか、微妙なところですが。
たとえばShift-JISにて編集中、Shift-JISにマッピングのない文字を他のアプリケーションからペーストします。
文字は見えていますが、選択すると「・」になります。選択を解除すると、元の文字が見えます。
コピー→ペーストすると「・」になります。
この状態で、たとえばUTF-8で保存します。
開きなおすまで選択やコピーペーストは「・」のままです。
どう統一すればいいかがちょっと難しいですが、なんとなく今のままでは不整合な気がします。