EmEditor 64bit v14.6.1 / windows 8.1pro で、不具合と思われるものがあります。
「1頁の垂直スクロールを常に有効」にしていると、スクロールバーの再描画が不十分なようです。
例えば、スクロールバーの下の方に変更済みマーカーが表示されているときに、(新規作成して1万行くらい空行を入力した文書を作ると試せると思います)
「1頁の垂直スクロールを常に有効」な別の文書に切り替えると、スクロールバーの下のほうが更新されず、スクロールバーに変更済みの色が残ります。
では確認お願いします。