この拡張機能↓などを使えば、EmEditorに限らずいろんなテキストエディタでテキストエリア内のテキストを編集出来ますよ（上書き保存するとテキストエリアに反映される）。
■Dafizilla ViewSourceWith
https://addons.mozilla.org/ja/firefox/addon/394
拡張機能名からしてもともとはソースコードの閲覧・編集のためのものだったようですが、テキストエリア内のテキスト編集や、画像ファイルを指定した画像ビューワで表示したり、HTMLファイルに関連付けられたJavaScriptファイルやCSSファイルを表示できます。
起動オプション指定もできます。