Windows 2000 だから、というのは関係ありません。設定だけ残して、アンインストールしてから、MSIを実行すれば問題ありません。今回、RC からのバージョンアップ、あるいは正式版差し替え前と後の際だけの問題だったと思います。ご迷惑をおかけして申し訳ありません。途中経路でキャッシュされている可能性はあると思います。ブラウザの一時ファイルをクリアしてから試すと大丈夫だった可能性があります。
一時マクロを開いた時の既定の現在のフォルダは、[マクロ] メニューの [カスタマイズ] の [オプション] タブで設定できます。
ステータスに表示してる現在のフォルダが過去に使ったマクロのフルパス名(いつも同じで固定)になっていて変です。外部ツールなどの$(Dir)は、ドライブルートになってしまいます。
私の方で問題点を正しく理解していない可能性があるので、再現できる手順を詳しく書いていただけますか?
MSDN へのリンクは修正します。どうもありがとうございます。