Yutakaさんは書きました：
こちらでは問題なく動作しています。タブを有効にして使っているでしょうか? 「ワークスペースの消去」コマンドは、ファイルを何も開いていない（新規作成の）状態でないと、意味がないですね。
自動ワークスペースの仕様がよくわかっていないため、質問方法を変えます。
お手すきの時にでも教えていただければと思います。
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自動ワークスペースの設定を、
・自動ワークスペース : 保存と復元
・終了時に確認しない : チェックなし
としている場合ですが、
1)自動ワークスペースが保存されるのは、どのコマンドを実行したときでしょうか？
「グループを閉じる」でウィンドウが閉じる場合は対応されていないのでしょうか。
2)自動ワークスペースが復元されるのは、以下の場合すべてでしょうか。
a)EmEditor.exeをダブルクリック
b)タスクトレイから「新規作成」を選択
c)ファイル名を引数に指定してEmEditorを起動
3)私の環境では、終了時の自動ワークスペース保存ができていないのですが、確認すべき点はあるでしょうか？
4)タブを閉じていないとワークスペースの消去の意味がない、というのは、終了時に自動ワークスペース保存が動作するため、ということでしょうか。