松内です。
想像ですのでまったく自信無しですが、
下記のレジストリのせいじゃないでしょうか？
（VistaじゃなくWindows2000で見てるので、Vistaだと違うかも・・・）
HKEY_CLASSES_ROOT*shellviewcommand
確か、このキーにEmEditorが登録されていると(C:Program FilesEmEditorEmEditor.exe “%1”)、とりあえず関連付けされていない拡張子のファイルはダブルクリックするとEmEditorで開かれるようになったと思います。
本当に自信無しで申し訳ないのですが、このあたりで何かヒントにならないでしょうか？
