先日は確認して頂きありがとうございました。
返答を見て改めてJUSTSYSTEMに問い合わせをしていましたが回答が届きましたので報告させて頂きます。
まず返答頂いた通りATOK2006のプログラムが原因でエラーになるとの事でした。
それでですが現在のATOK2006での回避方法があるそうです。
ATOK2006の環境設定ファイルであるUSER.AENをEmeditorなどで開いて［入力・変換］セクションに”拡張履歴保存=しない”という一行を追加するとエラーにならないとのことでした。
（追加後、私のPCではエラーは発生しなくなりましたのでとりあえずはこの対応で問題なさそうです）
