「半角/全角変換」機能だと、すべての文字が対象になってしまうので、置換ダイアログで「正規表現を使用する」をチェックして、
[Ａ-Ｚ０-９＠＄％]
を
H
に置換するというように、上に変換したい文字の範囲を指定する、という方法にすれば可能です。この H というのは半角に変換することを示し、 は検索でマッチした文字列全体を示します。詳しくは、ヘルプの正規表現構文をお読みください。
http://jp.emeditor.com/help/howto/search/search_regexp_syntax.htm
H は、EmEditor Professional 専用の機能です。