> 行単位の並べ替え機能ってあるのでしょうか？
snowさんもおっしゃってますが、下記のプラグインが該当します。
SortNumberA プラグイン 数字を昇順に並べ替え
http://jp.emeditor.com/modules/mydownloads/singlefile.php?cid=26&lid=16
SortNumberD プラグイン 数字を降順に並べ替
http://jp.emeditor.com/modules/mydownloads/singlefile.php?cid=26&lid=18
SortStringA プラグイン 文字列を昇順に並べ替
http://jp.emeditor.com/modules/mydownloads/singlefile.php?cid=26&lid=20
SortStringD プラグイン 文字列を降順に並べ替え
http://jp.emeditor.com/modules/mydownloads/singlefile.php?cid=26&lid=22
>あと、同じ文字列の行があるのをチェックすることは可能でしょうか？
重複行のチェックでなくて削除するプラグインなら下記になります。
（これはもう、最高に便利です）
Delete Duplicate Line
http://homepage1.nifty.com/kksoftware/eepi/dl-page1.html