こちらでテストを行ったファイルを http://www.emeditor.com/pub/sjis.zip に公開しましたので、ダウンロードして試していただけると幸いです。この中の sjis1.txt は、obott 様が書いていただいたコードの羅列をテキスト ファイルにしたものです。sjis1.txt を EmEditor で Shift-JIS で開こうとすると、警告メッセージが出ますので、そのまま続行して開くと、「行、桁の表示方法」が、「論理座標(2バイト文字を2桁と数える)」の場合、2 行 883 桁目の「┗」と「・」の間にカーソルが移動し、「・」が変換できない文字であることがわかります。そして何も編集しないで sjis2.txt に名前を付けて保存を行います。両者のファイルをバイナリ比較すると、以下のようになります。
>fc /b sjis1.txt sjis2.txt
Comparing files sjis1.txt and sjis2.txt
00000374: 86 81
00000375: 49 45
00000376: 86 81
00000377: A2 45
00002DA4: EE FA
00002DA5: EF 40
00002DA6: EE FA
00002DA7: F0 41
再現しますでしょうか?
>問題が発生する文字に自動的にジャンプする機能ジャンプした位置がぜんぜんずれていました。
というのは理解せずに書いてしまい申し訳ありませんでした。
>以上の操作ではファイルの全部を開いたことになっていないのでしょうか？
巨大ファイル コントローラで、「ファイル全体を開く」がチェックされていれば、ファイルの全部を開いたことになります。
以上、どうぞよろしくお願いいたします。