ryoさんは書きました：
レジストリなどではなく、EmEditor の設定のプロパティの [キーボード] タブで、「ウィンドウの左へ」、「ウィンドウの右へ」のコマンドに好きなキーボードを割り当てるだけです。
設定箇所、見つかりました！
分類が「ウインドウ」だと思い込んでいたのでなかなか見つかりませんでした＾＾；修正されるまではこれで凌ぎたいと思います。
私も Logitech MX1000 を購入して試しました。付属の CD-ROM でドライバをインストールする前は、左右のスクロールができませんでしたが、インストール後は、正しく左右にスクロールできるようになりました。気になるのは、インストール途中に Update をダウンロードできたので、もしかすると、最新のドライバが修正されているのかもしれません。もしよろしければ、最新のドライバをダウンロードしてアップデートしてみてはいかがでしょうか? よろしくお願いします。