[Aye Wong]

バックアップについては、
$(Dir)~$(Filename).old$(Number).$(Ext)
といった感じで変数で指定する方式がとれるとよいと思います。
これならご提案されている拡張子を指定する方式も取れますし、絶対パス、相対パスもカバーできそうです。