私も通常通りＨＤＤにインストールしています（USB ドライブではない）。
インストールディレクトリーは、”C:Program FilesEmEditor” です。
標準インストールしてその後カスタマイズした項目は、細かいですが下記の通りです。（煩雑で済みません）
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カスタマイズ
ファイル [EmEditorと関連付け] .log .ini
すべての設定のプロパティ
基本
行番号を表示をチェック、 ルーラを表示をチェック
表示
改行、タブ、EOF 文字色 -> 灰色に変更
[フォント]
印刷フォントに表示フォントを使用 のチェックを解除
通常のプリンター用フォントも含める のチェックを解除
表示フォント – MSゴシック 11pt
印刷フォント – MS明朝 11pt
記号
タブ表示 をチェック、全角空白表示 をチェック
ツール
プラグイン チェックを解除
ヘルプ
更新チェッカーのカスタマイズ を 毎週 に変更
ファイル
すべて閉じる 自動ワークスペース 無し
次回からこのダイアログボックスを表示しない をチェック
ATOK2008
Ctrl+Shift+R へのキー割り当てを削除（キーボードマクロとかぶるので）