開発お疲れ様です。
私の仮想マシン上のWinXP x64 では、v10.0.8にアップデートする事によって、
「プログラム ファイルが壊れています」のメッセージは表示されなくなりました。
少し気になったので調べてみましたが、江村さんの仰る通り、デジタル署名が怪しいようです。
今回のエラーメッセージが表示されるようになる前のバージョンである v10.0.6 の、
EXEインストーラ版を、仮想マシンにコピーし、SHA-1 を調べ、
ハッシュ値がEmEditor公式サイトに記載されているものと合致しているのを確認し、
右クリックのプロパティからデジタル署名を調べても、
「このデジタル署名は問題ありません」となっていますが、
v10.0.7 以降のEXEインストーラは、SHA-1 は合致していて、問題が無いものの、
プロパティからデジタル署名を確認すると、
「署名にある証明書を検証できません」と表示されます。
参考になれば幸いです。