こちらから使用に影響を与えそうなアプリとして、まずご指摘のNOD32(4.2.52.0)と、
使用しているファイアウォールであるOutpostFirewall(6.73.3063.11009)
(XP付属のそれは無効にしてある)の保護を停止しましたが状況は改善されませんでした。
また、「Windows タスクマネージャーのプロセス タブで、実行ファイルのパスが
表示できる状態～」という方法が恥ずかしながら分かりませんものでしたので、
同種のProcessExplorer(14.12)というアプリで調べましたが、エラーが出て消滅するまでの
emeditor.exeの実行ファイルとその作業パスはインストールした箇所のそれであること、
またそのバージョンはたしかに10.0.8であることまで確認できました。
複数のセキュリティ環境でバージョンを上げた瞬間から同種の問題が発生するのが
それぞれの環境が原因とはにわかには考えにくいですので、お手数ですが
もう少しそちらの方でも調べて頂けると助かります。引き続きよろしくお願いします。
追記
hn2さんの投稿が直前に載りましたのでこちらでも同様に調べてみたところ、
v10.0.6～v10.0.8の32/64bitインストーラについて、デジタル署名および
その副署名について「署名にある証明書を検証できません」等の問題のあるメッセージは
見られなかったことを追記します。(「このデジタル署名は問題ありません。」という表示でした)