江村様
説明が不十分だったうえ、お返事が遅くなり、申しわけありません。
具体的には、設定のプロパティのリンクタブで「全角文字をURLとして認識する」を有効にしている場合（実際には「半角～」以外すべて有効にしていますが、これらを無効にしても、また「半角～」を有効にしても変化はありませんでした）、以下のような文字列はURLとして認識してもらえません。
http://jp.emeditor.com/
例http://jp.emeditor.com/
「http://jp.emeditor.com/」
、http://jp.emeditor.com/。
最後の2例のような場合を考えると、「最後に認識されない文字」（ついでながら、ここに指定された文字は最初にも認識されないんですよね？）に全角文字も指定できる、というのが理想的かもしれません。
使用バージョンはEmEditor Professional (32-bit) Version 10.0.4、Windows XP Professional SP3 日本語版です。他の情報やスクリーンショットが必要ならお知らせください。
あと、このフォーラムでの投稿時にイメージマネージャーによる画像アップロードは使用できないのでしょうか。有効だとスクリーンショットを簡単に添付できるのでありがたいです（セキュリティや投稿者のプライバシーの問題等であえて無効にされているのかもしれませんが）。