松内です。
Yutakaさんは書きました：
巨大ファイルを扱えるようになったから、ということは無いです。おそらく以前のバージョンから変わっていないはずです。ツール メニューのカスタマイズ ダイアログの [検索] タブで、[正規表現が改行文字に一致することができる] のチェックは外れているでしょうか? また、[正規表現で検索する追加行数] は 0 になっているでしょうか?
すみません、紛らわしかったですね。
「巨大ファイルを扱えるようになったから」と言うのは、そもそもEmEditorが巨大ファイルを扱えないエディタだったら、
仮に多少処理に時間がかかる作りになっていたとしても、
扱うファイルも小さいから、気にならないまま問題にならなかったかも知れないって言うジョークです ;-p
カスタマイズ ダイアログの設定は、二ヶ所とも仰る通りに設定していました。