arere 様
いつも EmEditor Professional をお使いいただき、誠にありがとうございます。
ハイライトが解除されている状態で、テキスト選択が解除されています。だから、たとえば、「abcxyz a」 と書かれているテキスト（選択テキストは無し）で、c と x の間にカーソルを置いてから、[単語のみ検索する] をチェックして [正規表現を使用する] はチェックしないで xyz を検索しても xyz が検索に一致してしまいます。
この現象を正確に書くと、次のようになります。テキストが選択されていない状態で、「下を検索」を実行すると、カーソル位置から下（右）方向に検索が始まります。ここで、カーソルから直前左に文字があるかどうかにかかわらず、カーソル位置が単語の区切りであると仮定しているところに問題があるのです。
この問題は、[正規表現を使用する] がチェックされている場合には発生しません。
これについては、仕様ではなく不具合だと言えます。将来のバージョンで修正したいと思います。大変申し訳ありませんでした。
どうぞよろしくお願い申し上げます。