私も気になって試したら、再現したので報告します。
行った操作：
１）7.00で、zetajrさんが最初に報告された手順【ＮＧ】
＞あぅあぅあぅあぅあぅあぅあぅあぅあぅあぅ
２）7.00で、JavaScriptの手順【ＮＧ】
＞11111111111111111111
３）EmEditorを 7.00 ⇒ 6.00.4 に入れ替え。
４）6.00.4で、zetajrさんが最初に報告された手順【ＯＫ】
＞あーあーあーあーあーあーあーあーあーあー
５）6.00.4で、JavaScriptの手順【ＯＫ】
＞―1―1―1―1―1―1―1―1―1―1
６）EmEditorを 6.00.4 ⇒ 7.00 に戻す。
７）7.00で、zetajrさんが最初に報告された手順【ＮＧ】
＞あぅあぅあぅあぅあぅあぅあぅあぅあぅあぅ
８）7.00で、JavaScriptの手順【ＮＧ】
＞11111111111111111111
再現した環境の情報：
EmEditor Proofessional Version 7.00
EmEditor Proofessional Version 6.00.4
Windows XP Professional version 2002
Build 2600.xpsp_sp2_gdr.070227-2254 : Service Pack 2
Internet Explorer 6
Version: 6.0.2900.2180.xpsp_sp2_gdr.070227-2254
shlwapi.dll
ファイルバージョン: 6.00.2900.3231 (xpsp_sp2_qfe.071010-1316)
更新日時: 2007年10月11日、15:11:14
以上、応援してますので、よろしくお願いします。