[ryo]

レジストリなどではなく、EmEditor の設定のプロパティの [キーボード] タブで、「ウィンドウの左へ」、「ウィンドウの右へ」のコマンドに好きなキーボードを割り当てるだけです。

設定箇所、見つかりました！
分類が「ウインドウ」だと思い込んでいたのでなかなか見つかりませんでした＾＾；

修正されるまではこれで凌ぎたいと思います。