yama さん、こんにちは。
私はこんなマクロでなんとかやりくりしています。
http://jp.emeditor.com/modules/mydownloads/singlefile.php?cid=21&lid=339
よろしかったらお試しください。
ドキュメントにも書いたのですが、グループを結合する際、
マクロ実行時にアクティブだった文書が隠れてしまうのが難点です。
マクロでウィンドウやグループをあれこれ操作すると、
どうもEmEditorが不安定になりがちなので、
ダイアログを1回表示しワンクッション置くことによって
逃げることにしました。
（どなたかうまい方法をご存知ないでしょうか？）
・ グループ結合後にアクティブな文書を復元する
これが実現するだけでもありがたいのですが……。