もともとエクスプローラ プラグインは表示していませんし、
すべてのプラグインを無効にした状態でも発生しました。
いろいろやってみたところ、パソコンを起動して最初にカードなしの状態でカードリーダーを繋いでEmEditorを起動したときは発生せず、そこからカードを抜いてEmEditorを起動するとエラー表示が発生しました。
ただ、その後で(「ハードウェアの安全な取り外し」を使って)カードリーダーそのものをはずし、再度カードなしの状態で接続してからEmEditorを起動するとエラー表示が出ました。
念のため書いておくと、カードリーダーは
BUFFALO(メルコ)のMCR-SM2-LTというスマートメディア用のものです。