おっしゃるとおり，「標準」と「日本語」で別のフォントを指定していました。
そして「新規作成時」の「フォント分類」は「日本語」になっており，「テンプレートを使用する」になっていました。
［ファイル］→［新規作成］でファイルタイプを指定してファイルを作成した場合，確かに「日本語」ではなく「標準」で指定したフォントで表示されました。
この動作が異常ということですか？
［ファイルを開く］で存在しないファイル名を入力して新規作成した場合に，「日本語」で指定したフォントで表示されましたが，こちらはむしろ正常ということですね？
で，よく分からないのは，既存のファイルを開いたときに「標準」のほうのフォントで表示されるんですが，これでいいんでしょうか？