なるほどです。理由は分かったのですが、
ただ、フィルター→行削除を多用する者としては、フィルターを再度かけ直さないといけないというのは不便です。
私の場合ですが、フィルター時にCtrl＋A→行削除という使い方をしたことがありません。
一般的な使用頻度で考えると、
フィルター時に行選択して削除
と
フィルター時にCtrl＋Aして削除
では、行選択して削除のケースの方が多いのではないかと思います。
そして、
改行を含む編集はフィルターを解除する
改行を含まない編集はフィルターを解除しない
だと動作の統一性が無いです。
（ユーザー目線ではどちらも”編集”ではあるので、それでフィルターが解除される／されない と動作が違ってくるのは違和感があります）
>元に戻す場合、フィルター中にも関わらず非表示になるはずの行が表示されてしまいます。
これを修正するのは難しいのでしょうか。
整合性問題が発生するケースがどれくらいあるのか分かりませんが、
整合性問題が発生するケースがCtrl＋Aして行削除ぐらいであれば、使用頻度的に、Ctrl＋A→行削除の方をイレギュラーなものとして処理することはできませんか。
例えばですが、フィルター時に
行選択して削除→戻す でフィルター解除しないのをデフォルト動作にし、
Ctrl＋A→行削除→戻す の時はフィルター欄のワードをクリアしフィルター状態を解除する、これにより整合性の問題を回避する、など。
なんにしてもフィルター解除されるのは不便ですので、再検討頂けるとうれしいです。