いつもお世話になっております。江村です。
ご要望ありがとうございます。検討させていただきましたが、以下のような問題があります。
過去に検索した履歴が保存される際、改行や空白などの文字を削除して保存するかどうかに依存します。詳細を書くと長くなるため省略しますが、履歴を削除してから保存する場合には整合性の問題があり、削除しない場合にはオプションを目立つ位置、例えば現在の [あいまい一致] チェックボックスの下に配置する必要があります。
EmEditorはすでに非常に多機能であり、それが長所でもあり短所でもあります。これ以上検索ダイアログ内にオプションを増やすと、使いやすさが逆に低下する可能性があります。
EmEditorの利点の一つは、マクロを使用して機能を追加できることです。例えば、以下のようなマクロをお試しいただければと思います。
str = clipboardData.getData("Text");
str = str.replace(/[ \t\r\n]/g, '' );
document.selection.Find(str,eeFindNext | eeFindReplaceCase | eeFindAround | eeFindReplaceRegExp,eeExFindRegexOnigmoPerl);
このマクロでは、クリップボードの内容から改行、タブ、スペースを削除し、その後正規表現（Onigmo.Perl）で検索を行います。ぜひお試しいただければ幸いです。
よろしくお願いいたします。