いつもお世話になっております。江村です。
EmEditorの検索においては、上記の条件を用意した場合、[次を検索] (F3) を押下すると、１回目は先頭から１文字目からのAAを選択、２回目は先頭から２文字目からのAAを選択、３回目は先頭から３文字目からのAAを選択、４回目は先頭から４文字目からのAAを選択、これ以上選択できるものがないため検索が終了する（一致する文字列はもうないというメッセージが表示される）という動作になっている。
それで正しいです。
（１）この検索の動作仕様は、何かメリットがあって実装されたのか、または何か当時課題があってその課題を解決するために実装されたのでしょうか？
この動作が通常の動作であり、他の動作は思い付きませんでした。
（２）この検索の動作仕様は（不具合などは抜きで）、EmEditorのどのバージョンから実装されたのか？または初期から搭載されていたのか教えていただけないでしょうか？
初期からです。
（３）検索の動作仕様については、オンラインヘルプ等などに記載されている箇所を教えていただけないでしょうか？または常識の動作のため記載がなくても実用上差しさわりがないということも考えられます。
特に記載されていません。しかしながら、私の知る限り、ほとんどのテキスト エディターは EmEditor と同様の動作をするはずです。その理由ですが、検索の際には、考えられるすべての一致を検索するべきだからではないでしょうか? そうでないと、重要な検索一致箇所を見逃す可能性があります。例えば、
&A&B&C&
という文書があったとします。そこで、
&.&
という正規表現を検索したいとします。
yasuji 様のお考えの動作 (強調表示や、[すべて置換] と同様な検索) だと、
&A&
が一致した直後に、[次を検索] (F3) コマンドを実行すると、
&C&
が一致します。
しかし、ユーザーは &A& と &C& の間にある &B& も一致されることを期待するはずです。&A&、&B&、&C& の 3箇所の重要性は同じだと考えられます。
そこで、[次を検索] コマンドでは、できるだけ多くの可能性を見逃さずに一致させることを意識しています。
しかしながら、yasuji 様のお考えの動作を希望される場合には、オプションの追加も検討いたしますので、再度、その理由も含めてご連絡ください。
よろしくお願いいたします。