江村様
ありがとうございます。
txtはEmEditorに関連付けしていたためエディタを指定せずに別々のプロセスで呼んでいたのですが、
ご提案のように
emeditor.exe C:\Temp\fileinfo.txt C:\Temp\filelist.txt C:\Temp\treefile.txt C:\Temp\tree.txt
としたところアクティブファイルのみのダイアログだけが表示されました。
（開かれている非アクティブタブについてはアクティブにした時点でダイアログが表示される）
これはファイルの読み直し（＝アクティブファイルでの操作）、と考えればこの動作で期待どおりかと思います。
だだ、もし将来的にチャンスがあれば、一気にファイル更新の確認ダイアログを表示するような動作もオプション等で選択可能にしていただけると嬉しいです。
（上記のようにEmEditorでオープンした瞬間のみ。例えば、非アクティブのファイルに対して、他人の更新でいちいちダイアログが表示されるのは煩わしい）
どうぞよろしくお願いいたします。