ありがとうございます。
型が変わったのですね。
レジストリなので、ここは仕方ないですね。。
こういう書き方も、同じような動作ができました。
dim arrSubKeys, arrValueTypes
Set objReg=GetObject("winmgmts:{impersonationLevel=impersonate}!\\" & "." & "\root\default:StdRegProv")
objReg.GetQWORDValue &H80000001, "Software\EmSoft\EmEditor v3\Common", "FindFlag", val
val = val Xor eeFindReplaceOnlyWord
objReg.SetQWORDValue &H80000001, "Software\EmSoft\EmEditor v3\Common", "FindFlag", val