補足です。
すでに私のPC環境では問題解決してしまったため困ってはいないのですが以下のようなケースで問題が発生していたと思われます。
・「ユーザー別インストール機能」が搭載される前からEmEditorを使っている。
・スタートアップでEmEditorを起動 の機能をON にしている。
・その後 EmEditor をアンインストールし「ユーザー別」に変更してインストール。 (確認してませんが、この時に ショートカットが削除されなかったと思われます）
・「Windows起動時 トレイアイコンを表示」 が ONになっていてもスタートアップフォルダーのショートカットが古い場所を指しているため自動起動しない。
→ 手作業でショートカットファイルを削除したあと 「Windows起動時 トレイアイコンを表示」 を ONにしなおすとようやく新しいインストール場所を参照したショートカットができました。
以上、ご参考になれば。