この提案が実装されるまでの間、OSがVista以降であれば代案があります。
EmEditorで指定したプラグインフォルダの中に、標準プラグインのDLL（とmuiフォルダ）へのシンボリックリンクを作れば解決します。
シンボリックリンクとは、ひどくおおざっぱにいえばショートカットファイルのようなもので、それでいて通常のファイルのように透過的に扱われます。
そのため、EmEditorをアップデートしても、インストール先を変えたりDLLのファイル名が変わったりしなければ、更新に追従できるのです。
この案の難点は、
シンボリックリンクを作るGUIはOSについていないため、コマンドプロンプトを操作するか、フリーソフトを別途調達するかしないといけません。
さらに、先ほどはVista以降と書きましたが、該当ドライブのファイルシステムがNTFSでないといけません。
たいていは大丈夫だと思いますが、確認するには、ドライブのプロパティの全般タグでファイルシステムのところに使われてるファイルシステムが表示されます。
フリーソフトを使う場合は、お好きなのを探してもらうとして、コマンドプロンプトでのやり方を書きます。
インストール先を C:\Exsample\EmEditor
カスタマイズしたプラグインフォルダを D:\Custom\Plugin
として説明します。
1.コマンドプロンプトを管理者権限で起動します。
OSのバージョンによって違いがあるかもしれませんが、スタートメニューで、Windows システムツールなどの中にあるかと思います。
それを、右クリックして、管理者として実行
2.カレントディレクトリを、カスタマイズしたプラグインフォルダに変更
cd /d D:\Custom\Plugin
と入力し、Enter
3.muiフォルダのシンボリックリンクを作る
mklink /d mui C:\Exsample\EmEditor\PlugIns\mui
と入力し、Enter
4.各プラグインDLLのシンボリックリンクを作る
mklink Explorer.dll C:\Exsample\EmEditor\PlugIns\Explorer.dll
と入力し、Enter （フォルダの時と違って、 /d がないことに注意）
残りも同様に