ご返信ありがとうございます．
詳しい操作方法を教えていただきありがとうございました．
やはり現状ではマクロでの対応が現実的ですね．了解しました．
将来的には、ご要望のような全体的な確認が取れる方向に向かうとおもいますが、比較専用のソフトではないので、全体のバランスを考えて開発していきたいと考えています。ということで、現在のところ将来の検討事項ということでご理解いただければ幸いです。
Yutakaさんのお考えがわかりました．確かに，他の機能との連携もあるでしょうし，すべての機能をEmEditorに求めるのは現実的ではないですね．開発する側にとっては当然のことだと思います．
ただ，これは，前のバージョンではdiffプラグインでできていたことが，バージョンアップでできなくなった機能です．機能のバランス的か，技術的に厳しいところがあったからだと思いますが，そのような機能については代替策をとって頂きたかったです．（公開マクロで対応など）
EmEditorは安価で使いやすく，とても気に入っています．
開発の方，がんばってください．