おかいしですね。表示している Web ページは、ローカル ファイルでなく、サーバー (インターネット) のページでしょうか? サーバーのページをソース表示で開くと、一時フォルダに保存されている一時ファイルを開くようになるため、これを EmEditor で開くと、既定では、書き換え禁止モードで開き、保存できなくなるはずです。この書き換え禁止モードを解除して無理に保存することはできますが、これで IE が落ちるとしたら、このような動作が IE の想定外ということになるのではないでしょうか?
メモ帳では問題ないということですが、メモ帳と同じ条件で行うには、HTMLのプロパティの [外部で変更された時] ドロップダウン リストの選択を [何もしない] に変えてみるといいかと思います。