＞obott さんとの結果と異なるのですが、こちらのテストでは、変換前と変換後の2つのファイルをバイナリで比較すると上の４つの文字が異なっていました。
しょうがないので、、
時間をかけてなぜこちらでの結果とそちらでの結果が違うのか確認してみました。
全ての問題の文字コードが存在する小さいファイルを作ってみました。
サイズ ３８７，３４４バイト
と
サイズ １，６７３，６８２，３８２バイト
（サイズは適当です、このサイズだから異常が起きるとかの確認はしていません）
の２つのファイルで確認してみたところ、、、
小さい方は元と変更後のファイルがバイナリで違いが有りました。
大きい方は元と変更後のファイルがバイナリで違いが有りませんでした。
この結果から、推測すると、、、
貴エディタは、ひょっとして巨大ファイルの変更点の記憶方法に
問題が有り、このような時に、実は変な文字コードによる変更は記憶していないので、、
上記結果の様になるのではないでしょうか？
そのくせ。
ダイアログには
「指定したエンコードで変換できない文字が含まれています。
編集を続行して保存するとファイルの中身が破壊されます。」
と表示している
と、、、思われますが、、いかがでしょう？