qtvさんは書きました：
EmEditorのウィンドウをすべて閉じても削除できず、タスクトレイを終了すると削除できた、ということがありました。
もしかすると、「高速起動」のチェックもされていたでしょうか? 以前のバージョンだと、このオプションをチェックしておくと、EmEditor をすべて終了したように見えても、非表示の EmEditor プロセスが残っているため、フォルダが削除できないことがありました。現在のv9 の最新 alpha バージョンでは、「高速起動」のオプションがなくなったため、このようなことはないはずですが、最新の v9 alpha でも再現するようでしたら再現できる条件を教えていただけると幸いです。