以下試してみました。
[元のデータ（B,Dが重複)]
A
B
B
B
C
D
D
E
[重複を削除後のデータ]
A
B
C
D
E
比較を行うと以下のようにハイライトされます(*)
[元のデータ（B,Dが重複)] 比較１
A
B
B *
B *
C
D
D *
E
[重複を削除後のデータ] 比較２
A
B
*
*
C
*
D
E
さらに、比較＞変更をブックマークを行うと以下のようにブックマークされます(**)
[元のデータ（B,Dが重複)] 比較１
A
B
B **
B **
C
D
D **
E
[重複を削除後のデータ] 比較２
A
B
*
*
C **
*
D **
E
上記の 元のデータ側のブックマークは意図したものと一致しますので、こちらを抽出することで 目的の作業は出来そうです。
しかしながら 重複を削除後のブックマーク は 重複が削除された B,D とは異なる C,D にブックマークがついており、見た感じが直観に反します(こういうものでしょうかね？）。
重複を削除し行を抽出するという点では、ご教示いただいた手順で出来そうです。
将来的に可能であれば 「重複行を抽出」 を機能追加していただけますでしょうか。上記だと B,B,D が抽出できればベストです。