[HTML/XMLのCharsetを検出]チェックボックスにチェックするとRubyファイルのであれば「”#coding=…” を見つけ、それに対応するエンコードを使用します」とヘルプにありますが、『# coding: SJIS』,『# coding: Shift_JIS』だけではなく、『# coding: CP932』,『# coding: Windows-31J』も『日本語(シフト JIS)』を使用するようにして頂けないでしょうか?
Rubyの場合、[SJIS, Shift_JIS]と[CP932, Windows-31J]は違うエンコードグループであり、Windows環境でエンコードを指定する場合、後者の[CP932, Windows-31J]を使うと思われます。
ご検討よろしくお願いいたします。