(会社で起きた現象で、その場では投稿できなかったため、記憶で記載しています)
EmEditorのバージョンや動作を変更せずに発生した現象なので、おそらくAvastが原因かと思いますが、ご報告します。
EmEditorでjseeのマクロを実行すると、マウスがくるくる回ったまま固まって、復帰しないという現象が発生するようになりました。
どうも、AvastでIEのスクリプトチェックが有効になっているのが原因だったようです(ウイルス定義が12月4日版だったと思います)。
jseeのスクリプト内容に関係なく、実行しただけで発生しているようでした。
EmEditorは最新にしていますが、すべての環境で発生するのかは分かりません。