「高度なフィルター」で
「ブックマーク」をクリックした後、即座に「高度なフィルター」ダイアログの背面では ブックマークの行に色が反映されます。これはOKです。
ですが、エディタのステータス表示にて「文書全体中のブックマークの数」に不具合があります。
これを表示させている場合
「高度なフィルター」ダイアログを閉じるまではそのステータス項目の件数表示の更新がされず、
「高度なフィルター」ダイアログを閉じた後で ブックマーク数が変更されます。
「高度なフィルター」で「ブックマーク」をクリックした後、即座に「文書全体中のブックマークの数」も同期するようになりませんか?