いつもお世話になっております。江村です。
こちらの環境では、同様の問題は再現できませんでした。
ダイアログ ボックスのフォント サイズを変更した場合は、いったん [OK] をクリックしてダイアログを閉じ、改めてダイアログを開き直していただかないと設定が反映されません。もしその手順をお試しいただいても症状が続くようでしたら、一度 EmEditor を再起動していただくことをお勧めいたします。
また、設定のプロパティ画面やカスタマイズ画面の [OK]/[キャンセル] などのボタン サイズは、この方法では変更できません。これは Windows のコモン ダイアログを使用しているためです。これらのサイズも含めて変更したい場合は、Windows の設定にある 「スケール」 を調整してください。
よろしくお願いいたします。