開発お疲れさまです。いつもありがとうございます。
Windows10 64bit版上の EmEditor 64bit版 を v20.9.904 にバージョンアップしたところ、自動マーカーが機能しなくなったように見えます。
[ツール]→[マーカーのカスタマイズ]→[自動マーカー]で、「自動マーカーを有効にする」チェックボックスにチェックを入れている状態で何かの文字を範囲選択しても、同じ文字の背後が灰色になってくれません。チェックを一旦OFFにしてからONに戻したり、EmEditorやWindowsを再起動しても現象は変わりませんでした。
なお、自動マーカーではないマーカー(マーカー一覧に登録されているもの)は、問題なく意図通りにマーキングされています。
[ツール]→[現在の設定のプロパティ]→[表示]で、自動マーカーの装飾を変更してみても、やはり自動マーカーは機能していないように見えます。
自動マーカーを有効にするのに必要な設定項目が他に増えたとか何かありますでしょうか?