厳密には不具合と言うより仕様の問題なのでしょうが,一応こちらに挙げておきます。
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起動時に存在しないファイル名を指定したときの動作について,
現在の動作は「見かけ上」概ね以下の流れで処理されます。
1. emeditor hoge.txt [Enter]
2. 「指定したファイルは存在しません。新規作成しますか?」
・新規作成(O) → 3. へ
・キャンセル → 終了
3. 「ファイルが空になります。空のファイルを削除しますか?」
・削除する(D) → 5. へ
・削除しない(N) → 4. へ
・キャンセル → 終了
4. サイズ 0 の hoge.txt を作成する
5. EmEditorが,編集文書名 hoge.txt の状態で開く
ここで「3.」の動作は「保存時、空のファイルは削除」に
チェックが入っていることによる動作だと思うのですが,
くどいので,個人的には 3.と 4.はスキップで良いと思います。
あるいは新規作成時の動作として設定できるようにするか,
若しくは 2.と 3.をまとめて1つのダイアログでもよいと思います。
いずれ,新規ファイル名を指定して起動すること自体,特定時期に何度か続けて行う程度であり,
だったらバッチファイルで「空ファイル作成→開く」とすれば良いだけの話ではあるのですが,
まあ少なくとも 3.の文章は状況にマッチしていませんので話題だけ提供させて頂きます。