プラグインフォルダを別に設定しているとEmEditor純正プラグインが参照できないので、別のフォルダにもプラグインをコピーして使用しています。
また、EmEditorサイトからダウンロードしたプラグイン(exeのインストーラタイプ)を導入すると、初期フォルダへ展開されるために そのままではプラグインが使えず、手作業で別指定フォルダへコピーしています。
前者の不具合に対しては、規定のプラグインフォルダとユーザーが個別指定したプラグインフォルダの両方を参照する仕組みにしていただけないでしょうか。
また、後者の不具合に関してはこれはEmEditor本体の不具合ではないと思いますがこちらにあわせて投稿させていただきました。前者の不具合が修正されればそのままでも構わないと思いますが、後から追加したものはユーザー指定のプラグインフォルダへ導入するのが良いかと思います。