開発お疲れ様です。
EmEditor Pro v15.7.2 x64 を使ってて、不具合かもしれないものがあります。
ファイルから検索を使って検索したとき、(いわゆる)BOM付きUTF-8ファイルの1行目にヒットすると、検索結果にもBOMが付いたままになるようです。
すると、カーソルがそこで足踏みしたり、そこから右側行末までの表示がおかしくなったりするようです。
ファイルから検索時の設定で、
「エンコードの設定」は「設定されたエンコード」
「出力方法」は「文書」
「出力オプション」は「ファイル名と行を表示」
ヒットしたファイルのプロパティのファイルタブでエンコードに関係ありそうな設定は
「開くときのエンコード」は「システム規定」
「Unicodeサイン(BOM)を検出」はOn
「UTF-8を自動検出」はOn
「UTF-8を優先する」はOff
「HTML/XMLのCharsetを掲出」はOff
「すべて自動検出」はOff
では確認お願いします。