不具合なのかわからないですが、一応症状を報告です。
1.EmEditor を 9.x から 10.0 にアップデート。
2.適当なファイルを開き、ウインドウを左右に分割する。
3.片側を縦スクロールしようとすると、もう片方も同期してスクロールする。
4.垂直同期スクロールにチェックは付いていない。
5.垂直同期スクロールにチェックを付ける。
6.同じように同期してスクロールする。
7.垂直同期スクロールのチェックを外す。
8.左右が別々にスクロールできるようになる。
一度設定した後は、EmEditor を再起動しても症状は出なくなりました。
再現性はわかりません。
特に困ってないし原因がわからないので、やみくもに EmEditor 9.x からインストールしなおしてみるというのも面倒ですし。