はじめまして。
表題の通りです。環境はWinXP SP2 + EmEditor v7.00.4, 以下のコードで再現します。
OutputBar.Visible = true;
document.Selection.Collapse();
一瞬アウトプットバーが表示されてすぐに消えます。マクロで表示させなくても、あらかじめメニューから表示させておき、document.Selection.Collapse(); を実行するだけでも消えてしまいます。
あとついでに。ヘルプのコマンドリファレンスで、[アウトプット]のコマンドIDが
editor.ExecuteCommandByID(4220);
となっていましたが、4220は[設定の選択 (ポップアップ メニュー)] コマンドのようです。