Ctrl+0 で「ワークスペースを開くことをキャンセルしますか?」というダイアログが出ると、
複数タブを開いている時に先頭タブがアクティブになります。
そのダイアログに「はい」と答えた後に、他のタブに切り替えても先頭タブがアクティブである表示のままになります。
表示だけで、選んだタブは編集可能です。
ウィンドウを他のプログラムに切り替えてからEmEditorに戻すと、正しいタブがアクティブ表示になります。
EmEditor Professional (64-bit) Version 16.3.0
Windows 10 バージョン 1607 (OS ビルド 14393.447)